Dictionnaire de données

Le dictionnaire de données CQDG fournit des informations sur la structure et le contenu des données. Le format et les restrictions spécifiques pour chaque champ de données y sont définis. Les données des études participant au CQDG doivent être entièrement compatibles avec la dernière version du dictionnaire pour garantir un standard de qualité des données. Les vues suivantes décrivent les attributs et les valeurs permises pour tous les champs des fichiers cliniques tsv pour la Plateforme de données du CQDG.

13 fichiers avec 128 champs

Niveau de données:

Tout

Attributs:

Tout

Sample Registration (sample_registration)

5 Champs

L'ensemble des champs requis pour inscrire vos échantillons dans le CQDG. Il est nécessaire de procéder à l''inscription de vos échantillons avant de soumettre des données cliniques et fichiers de données moléculaires.

Exemple de nom de fichier: sample_registration[-optional-extension].tsv

study_id

Identifiant pour l'étude

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

submitter_participant_id

Identifiant pour le participant soumis par l'étude.

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

submitter_biospecimen_id

Identifiant pour le spécimen biologique soumis par l'étude.

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

submitter_sample_id

Identifiant unique pour l'échantillon moléculaire soumis par l'étude

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

sample_type

Type d'échantillon moléculaire utilisé pour l'analyse

Core

Required

TEXT

NCIT:C449

NCIT:C812

Les codes sont tirés du NCI Thesaurus (NCIt) http://purl.obolibrary.org/obo/ncit.owl DNA (NCIT:C449), Ribonucleic Acid (NCIT:C812)

Study (study)

30 Champs

Ensemble de champs reliés à l'étude contribuant des données au CQDG

Exemple de nom de fichier: study[-optional-extension].tsv

study_id

Identifiant unique pour l'étude

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

name

Nom de l'étude

Core

Required

TEXT

program_id

Identifiant du programme auquel l’étude appartient.

Core

TEXT

DESIIR

SK-CHUSJ

RARE-QC

Fournir une liste délimitée par des points-virgules (;).

description

Brève description de l'étude

Core

Required

TEXT

keyword

Mots-clés associés à l'étude

Extended

TEXT

Liste de mots-clés délimitée avec des points-virgules (;)

access_authority

Contact du responsable de l'accès

Extended

TEXT

Veuillez fournir le site Web ou courriel du responsable de l'accès

domain

Domaine de recherche de l'étude

Core

Required

TEXT

Aging

Birth Defects

Cancer

Circulatory and Respiratory Health

General Health

9 more

population

Population cible de l'étude

Core

Required

TEXT

Adult

Fetal

Pediatric

Pediatric and Adult

access_limitations

Restrictions pour l'accès telles que définies dans l'ontologie DUO de GA4GH

Core

Required

TEXT

DUO:0000004

DUO:0000006

DUO:0000007

DUO:0000011

DUO:0000042

Référez-vous au Data Use Ontology https://github.com/EBISPOT/DUO

access_requirements

Conditions d'utilisation telles que définies dans l'ontologie DUO de GA4GH

Core

Required

TEXT

DUO:0000012

DUO:0000015

DUO:0000016

DUO:0000018

DUO:0000019

13 more

Référez-vous aux codes du Data Use Ontology pour obtenir la définition des codes https://github.com/EBISPOT/DUO

data_source

Décrit la principale source des données colligées des participants de l'étude

Core

Required

TEXT

selection_criteria

Critères d'inclusion et d'exclusion de l'étude

Core

Required

TEXT

publication

Digital Object Identifier de la publication décrivant la méthodologie et les critères de sélection de l'étude.

Extended

TEXT

Veuillez fournir un hyperlien DOI avec le format suivant, https://doi.org/ suivi du numéro DOI.

restricted

Est-ce une étude à accès restreint (aucune donnée au niveau des individus disponible)?

Core

Required

BOOLEAN

data_category

Catégories de données recueillies dans cette étude. (ex. génomique, imagerie…).

Core

Required

TEXT

genomics

imaging

clinical

transcriptomics

proteomics

2 more

Fournir une liste délimitée par des points-virgules (;).

design

Conception générale de l'étude, y compris si elle est longitudinale et si des membres de la famille ou autres contrôles non apparentés sont également inscrits.

Core

Required

TEXT

case_only

case_control

retrospective

registry

prospective

3 more

Fournir une liste délimitée par des points-virgules (;).

data_collection_method

Décrit les méthodes de collecte de données de l'étude.

Core

Required

TEXT

investigator_assessment

participant_caregiver_report

medical_records

Fournir une liste délimitée par des points-virgules (;).

expected_number_participants

Nombre attendu de participants dans une étude prospective.

Extended

INTEGER

expected_number_biospecimens

Nombre attendu de biospécimens dans une étude prospective.

Extended

INTEGER

expected_number_files

Nombre attendu de fichiers dans une étude prospective.

Extended

INTEGER

restricted_number_participants

Nombre de participants dans une étude à accès restreint.

Extended

Conditional

INTEGER

Requis pour une étude prospective

restricted_number_biospecimens

Nombre de biospécimens dans une étude à accès restreint.

Extended

Conditional

INTEGER

Requis pour une étude prospective

restricted_number_files

Nombre de fichiers dans une étude à accès restreint.

Extended

Conditional

INTEGER

Requis pour une étude prospective

principal_investigators

Noms des chercheurs principaux de cette étude.

Extended

Required

TEXT

Fournir une liste délimitée par des points-virgules (;).

contact_name

Noms de la ou des personnes contact pour les questions générales sur cette étude.

Core

Required

TEXT

Fournir une liste délimitée par des points-virgules (;).

contact_institution

Institutions affiliées de la ou des personnes contact pour les questions générales sur cette étude.

Core

Required

TEXT

Fournir une liste délimitée par des points-virgules (;).

contact_email

Adresses courriel de la ou des personnes contact pour les questions générales sur cette étude.

Core

Required

TEXT

Fournir une liste délimitée par des points-virgules (;).

website

Site web de l'étude.

Extended

TEXT

Une URL valide

funding_source

Sources de financement de l'étude.

Extended

TEXT

Fournir une liste délimitée par des points-virgules (;).

citation_statement

Déclaration de citation de données recommandée pour cette étude.

Extended

TEXT

Dataset (dataset)

3 Champs

Ensemble de champs reliés à un jeu de données spécifique appartenant à une étude du CQDG. Un jeu de données est un sous-ensemble de données provenant d'un seul type d'approche expérimentale.

Exemple de nom de fichier: dataset[-optional-extension].tsv

study_id

Identifiant unique pour l'étude

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

dataset_name

Nom du jeu de données

Core

Required

TEXT

dataset_description

Description brève du jeu de données

Core

Required

TEXT

Veuillez décrire le but, l'approche expérimentale et les critères de sélection du jeu de données.

Participant (participant)

16 Champs

Ensemble de champs reliés aux caractéristiques des participants dans le CQDG.

Exemple de nom de fichier: participant[-optional-extension].tsv

study_id

Identifiant pour l'étude

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

submitter_participant_id

Identifiant unique pour le participant soumis par l'étude

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

age_at_recruitment

Âge (en jours) du participant au moment du recrutement

Core

NUMBER

sex_at_birth

Sexe biologique du participant

Core

Required

TEXT

Male

Female

Intersex

Another Sex

Missing - Unknown

3 more

Le sexe biologique à la naissance est distinct de l'identité de genre, qui est capturée dans un autre champ.

sex_another_category

Specifier la valeur de 'Another Sex' pour sex_at_birth

Core

TEXT

Requis si la valeur de sex_at_birth est 'Another Sex'.

sex_collect_method

Indique comment les données sex_at_birth ont été collectées

Core

Required

TEXT

Self-identified

Clinician-recorded

Derived

Other

Missing - Unknown

3 more

gender

Identité de genre du participant

Core

Required

TEXT

Man

Woman

Another Gender

Prefer not to answer

Not applicable

4 more

Le genre fait référence aux rôles, comportements, expressions et identités socialement construits des filles, des femmes, des garçons, des hommes et des personnes de genre divers. Le genre d’une personne peut être le même ou différent de son sexe assigné à la naissance et peut changer au fil du temps.

gender_another_category

Specifie la valeur de 'Another Gender' pour gender

Core

TEXT

Requis si la valeur de gender_another_category est 'Another Gender'.

gender_collect_method

Indique comment les données de genre ont été collectées

Core

Required

TEXT

Self-identified

Other

Missing - Unknown

Missing - Not collected

Missing - Not provided

1 more

race

Race du participant

Core

Required

TEXT

Black

East Asian

Indigenous (First Nations, Inuk/Inuit, Métis)

Latin American

Middle Eastern or North African

10 more

La race est une construction sociale utilisée pour juger et catégoriser les personnes selon des différences perçues dans l’apparence physique, de manière à créer et maintenir des rapports de pouvoir dans les hiérarchies sociales. La classification en groupes raciaux n’a aucun fondement biologique probant sur le plan scientifique [RÉF : Institut canadien d’information sur la santé. Directives sur l’utilisation des normes de collecte de données fondées sur la race et l’identité autochtone pour la production de rapports sur la santé au Canada (2022)]. Les participants peuvent avoir plusieurs identités raciales. Toutes les catégories sélectionnées par les participants doivent être rapportées.

race_another_racial_category

Une réponse qui ne correspond à aucune des catégories de déclaration raciale précédentes (par exemple, les identités insulaires du Pacifique, les identités autochtones en dehors de l'Amérique du Nord, etc.).

Core

TEXT

Requis si la valeur de race_another_racial_category est 'Another Racial Category'

race_collect_method

Indique comment les données de race ont été collectées

Core

Required

TEXT

Socially assigned

Self-identified

Derived

Missing - Unknown

Missing - Not collected

2 more

Les réponses des projets prospectifs doivent toujours être auto-identifiées. Pour respecter l'autonomie des participants et leur droit à l'autodétermination, ainsi que pour éviter de confondre les différences dans la structure (génétique) de la population avec des catégories raciales socialement construites, les réponses qui ont été auto-identifiées ne doivent pas être agrégées avec des réponses qui ont été socialement assignées ou dérivées.

ethnicity_deprecated

OBSOLÈTE Identité éthnique du participant

Extended

TEXT

French Canadian

English Canadian

First Nation, Inuit, Metis

European

Arab

6 more

Ce champ est OBSOLÈTE. Il est maintenu dans cette version du dictionnaire pour faciliter la transition vers les nouvelles définitions d'ethnicité et de race. Les Canadiens français désignent les Canadiens dont les ancêtres font partie des colons français venus s'installer au Canada. Les Canadiens anglais désignent les Canadiens anglophones d'ascendance et de culture anglaise.

vital_status

Statut vital du participant

Core

Required

TEXT

Alive

Deceased

Missing - Not collected

Missing - Not provided

Missing - Restricted access

2 more

cause_of_death

Cause du décès

Core

Conditional

TEXT

Cancer

Heart disease

Cerebrovascular disease

Accidental death

Chronic lower respiratory diseases

3 more

Requis si le participant est décédé

age_of_death

Âge du participant (en jours) au moment de son décès

Core

Conditional

NUMBER

Requis si le participant est décédé.

Biospecimen (biospecimen)

11 Champs

Ensemble de champs reliés au spécimen biologique du participant. Un spécimen biologique est tout type d'échantillon biologique collecté pour analyse, pour des fins de diagnostic ou pour la recherche. Pour soumettre plus d'un spécimen biologique pour un participant, veuillez ajouter des lignes dans la table biospecimen pour ce participant.

Exemple de nom de fichier: biospecimen[-optional-extension].tsv

study_id

Identifiant pour l'étude

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

submitter_participant_id

Identifiant pour le participant soumis par l'étude

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

submitter_biospecimen_id

Identifiant unique pour le spécimen biologique soumis par l'étude

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

age_biospecimen_collection

Âge du participant (en jours) au moment de la collecte du spécimen biologique

Extended

NUMBER

biospecimen_tissue_source

Source tissulaire du spécimen biologique

Core

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les codes sont tirés du NCI Thesaurus (NCIt) http://purl.obolibrary.org/obo/ncit.owl Ex: Blood (NCIT:C12434), Saliva (NCIT:C13275), Solid Tissue Sample (NCIT:C164014), Bone Marrow (NCIT:C12431), Umbilical Cord (NCIT:C34320), Umbilical Cord Blood (NCIT:C34320). La valeur 'Missing - Unknown' est aussi permise

tumor_normal_designation

Le spécimen biologique provient d'un tissu tumoral ou normal

Core

Required

TEXT

Normal

Tumor

Not applicable

Indiquez `Not applicable' si le spécimen biologique n'a pas été analysé.

cancer_biospecimen_type

Description du type de tissu d'où provient le spécimen biologique (spécifique au cancer), basé sur le NCI Thesaurus (NCIt)

Core

TEXT

NCIT:C156445

NCIT:156440

NCIT:156441

NCIT:164032

NCIT:C18009

2 more

Les codes sont tirés du NCI Thesaurus (NCIt) http://purl.obolibrary.org/obo/ncit.owl Derived Cell Line (NCIT:C156445), Metastatic Tumor Sample (NCIT:156440), Sample Derived from New Primary (NCIT:156441), Tumor-Adjacent Normal Specimen (NCIT:164032), Tumor Tissue (NCIT:C18009), Normal Tissue Segment (NCIT:C162623), Cell Line-Derived Xenograft (NCIT:C156443)

cancer_biospecimen_anatomic_location_source_text

Site anatomique d'où le spécimen biologique a été collecté (spécifique) au cancer

Core

TEXT

Utilisez le terme inscrit au moment de la collecte du spécimen biologique

cancer_biospecimen_anatomic_location_ncit_code

Indiquer le code NCIT représentant la localisation anatomique du spécimen biologique

Core

TEXT

Values must meet the regular expression

Référez-vous au NCI Thesaurus (NCIt) http://purl.obolibrary.org/obo/ncit.owl

tumor_histological_type_source_text

Histologie du néoplasme, selon le rapport de pathologie

Core

Conditional

TEXT

Si le spécimen biologique est une tumeur, veuillez utiliser le terme fourni dans le rapport de pathologie

tumor_histological_type_ncit_code

Code histologique du néoplasme selon le NCI Thesaurus (NCIt)

Core

Conditional

TEXT

Values must meet the regular expression

Si le spécimen biologique est une tumeur, référez-vous au NCI Thesaurus (NCIt) http://purl.obolibrary.org/obo/ncit.owl

Diagnosis (Diagnosis)

17 Champs

Ensemble de champs reliés aux diagnostics du participant. Pour soumettre plus d'un diagnostic pour un participant, veuillez ajouter des lignes dans la table diagnostic pour ce participant.

Exemple de nom de fichier: Diagnosis[-optional-extension].tsv

study_id

Identifiant pour l'étude

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

submitter_participant_id

Identifiant pour le participant soumis par l'étude

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

diagnosis_source_text

Le diagnostic du participant tel que rapporté par l'étude

Core

Required

TEXT

Veuillez fournir l'information telle qu'elle est rapportée dans l'étude

diagnosis_molecular_subtype

Sous-type moléculaire de la condition, le cas échéant (par exemple, voie génétique affectée, mutation, etc.)

Core

TEXT

Veuillez fournir le sous-type moléculaire exact tel qu'il est rapporté dans l'étude

diagnosis_ICD_code

Code utilisé pour définir la maladie selon la CIM-10

Extended

TEXT

Values must meet the regular expression

Fournissez le code exact tel qu'il apparait dans la 10e révision de la Classification statistique internationale des maladies et des problèmes de santé connexes (version canadienne) https://apps.who.int/classifications/apps/icd/ClassificationDownload/DLArea/Download.aspxWrite

diagnosis_mondo_code

Code utilisé pour définir la maladie selon la classification MONDO

Extended

TEXT

Values must meet the regular expression

Fournissez le code tel qu'il apparait dans MONDO. Consultez les codes MONDO https://www.ebi.ac.uk/ols/ontologies/mondo

diagnosis_ICDO_topography_code

Code topographique de la classification CIM-O utilisé pour définir une condition

Extended

TEXT

Values must meet the regular expression

Fournissez le code tel qu'il apparait dans CIM-O. Ex: 'C34.1'. Pour les codes CIM-O, référez-vous à https://www.who.int/standards/classifications/other-classifications/international-classification-of-diseases-for-oncology

diagnosis_ICDO_morphology_code

Code de morphologie de la classification CIM-O utilisé pour définir une condition

Extended

TEXT

Values must meet the regular expression

Fournissez le code tel qu'il apparait dans CIM-O. Le 6ème chiffre pour la différenciation (ou l'immunophénotype pour les lymphomes et les leucémies) peut être inclus en option. Ex: '8070/33'. Pour les codes CIM-O, référez-vous à https://www.who.int/standards/classifications/other-classifications/international-classification-of-diseases-for-oncology

age_at_diagnosis

Âge du participant (en jours) au moment du diagnostic de la condition

Core

NUMBER

is_cancer

Indiquer si le diagnostic est un diagnostic de cancer

Core

Required

BOOLEAN

is_cancer_primary

Indiquer si le diagnostic est un diagnostic de cancer primaire

Core

Conditional

TEXT

Yes

Unknown

Cette information est requise si le diagnostic est un diagnostic de cancer

disease_status

État de la maladie du participant au moment du diagnostic

Extended

TEXT

Complete remission

Distant progression

Loco-regional progression

No evidence of disease

Partial remission

8 more

Plusieurs entrées dans la table pour le même code de diagnostic à différents moments (age_at_diagnosis) peuvent être utilisées pour indiquer la progression ou la rémission de la maladie.

tumor_staging_system

Indiquer le système de stadification du cancer utilisé pour effectué le diagnostic primaire

Core

Conditional

TEXT

AJCC 8th edition

AJCC 7th edition

Ann Arbor staging system

Binet staging system

Durie-Salmon staging system

5 more

stage_group

Stade de la tumeur assigné par le sytème de gradation et indiquant le pronostic (stade I, II, III etc.).

Extended

Conditional

TEXT

Stage 0

Stage 0a

Stage 0is

Stage I

Stage IA

60 more

Ce champs dépend du système de stadification

t_category

Classification t (tumeur), selon le système de classification des tumeurs cancéreuses solides de l'Union internationale contre le cancer (UICC). La tumeur primitive est définie en fonction de sa taille et de son extension aux tissus avoisinants au moment du diagnostic et est classée de T0 à T4.

Extended

Conditional

TEXT

T1a

T1a1

T1a2

35 more

Ce champs est requis si le système de stadification est une des éditions du manuel AJCC.

n_category

Classification n (nodes = ganglions) selon le système de classification des tumeurs cancéreuses solides de l'Union internationale contre le cancer (UICC). Les ganglions sont classés en fonction de leur nombre, de la taille et de leur extension locale. Ils sont classés de N0 à N3.

Extended

Conditional

TEXT

N0a

N0a (biopsy)

N0b

N0b (no biopsy)

21 more

Ce champs est requis si le système de stadification est une des éditions du manuel AJCC.

m_category

Catégorie m (métastase) selon le système de stadification des tumeurs cancéreuses solides de l'Union internationale contre le cancer (UICC). Les métastases sont classées en fonction de leur absence ou de leur présence au moment du diagnosticet avant le traitement, et se classent de M0 à M1.

Extended

Conditional

TEXT

M0(i+)

M1a

M1a(0)

11 more

Ce champs est requis si le système de stadification est une des éditions du manuel AJCC.

Treatment (treatment)

10 Champs

L'ensemble de champs reliés au traitement d'un participant. Pour soumettre plus d'un traitement pour un participant, veuillez ajouter des lignes dans la table traitement pour ce participant.

Exemple de nom de fichier: treatment[-optional-extension].tsv

study_id

Identifiant pour l'étude

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

submitter_participant_id

Identifiant pour le participant soumis par l'étude

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

submitter_diagnosis_id

Identifiant du diagnostic qui est relié à ce traitement

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

treatment_type

Type de traitement reçu par le participant

Core

Required

TEXT

Ablation

Bone marrow transplant

Chemotherapy

Endoscopic therapy

Hormonal therapy

9 more

treatment_is_primary

Indiquer si ce traitement est le traitement de première intention reçu par le participant après son diagnostic

Extended

TEXT

Yes

Unknown

treatment_intent

Indiquer l'intention du traitement

Extended

TEXT

Adjuvant

Concurrent

Curative

Life extending

Neoadjuvant

5 more

treatment_description

Informations supplémentaires sur le traitement, telles qu'un protocole, non capturées dans le champ 'treatment_type'

Extended

TEXT

Ce champ est facultatif et peut être utilisé pour fournir plus de contexte sur le traitement.

treatment_response

Indiquer la réponse du participant à ce traitement

Extended

TEXT

Clinical remission

Disease Progression

Partial Response

Stable Disease

Treatment cessation due to toxicity

5 more

age_at_treatment

Âge du participant (en jours) au moment où le traitement a été administré (ou commencé pour les traitements de longue durée)

Extended

INTEGER

treatment_duration

La période de temps (en jours) pendant laquelle le traitement a été administré.

Extended

INTEGER

Follow Up (follow_up)

6 Champs

L'ensemble de champs reliés à une visite de suivi du participant ayant un diagnostic de cancer. Un suivi est défini comme tout épisode suivant le diagnostic de cancer. Pour soumettre plus d'un suivi pour un participant, ajouter des lignes à la table suivi de ce participant.

Exemple de nom de fichier: follow_up[-optional-extension].tsv

study_id

Identifiant pour l'étude

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

submitter_participant_id

Identifiant pour le participant soumis par l'étude

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

submitter_diagnosis_id

Identifiant pour le diagnostic du participant soumis par l'étude

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

days_to_follow_up

Nombre de jours entre le diagnostic et la visite de suivi

Core

Required

INTEGER

disease_status_at_followup

État de la maladie au moment du suivi

Core

Required

TEXT

Clinical remission

Distant progression

Loco-regional progression

No evidence of disease

Partial remission

2 more

relapse_interval

Intervalle entre la fin du traitement de première intention et la progression de la maladie (en jours)

Extended

Conditional

INTEGER

Ce champ indique la durée de l'intervalle sans maladie en jours dans le cas où la maladie était non-détectée suite au traitement primaire, puis une rechute, une récidive ou une progression (pour les tumeurs liquides) s'est produite par la suite

Exposure (exposure)

5 Champs

L'ensemble de champs reliés à l'exposition à des facteurs de risque pour la santé pour le participant.

Exemple de nom de fichier: exposure[-optional-extension].tsv

study_id

Identifiant pour l'étude

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

submitter_participant_id

Identifiant unique pour le participant soumis par l'étude

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

smoking_status

Statut tabagique du participant au moment de la collecte de données

Extended

TEXT

Current every day smoker

Current some day smoker

Former smoker

Never smoker

Smoker, current status unknown

3 more

alcohol_status

Consommation d'alcool actuelle basée sur la limite quotidienne recommandée

Extended

TEXT

No alcohol consumption

Alcohol intake within recommended daily limit

Alcohol intake exceeds recommended daily limit

Alcohol consumption unknown

Référez-vous au Centre canadien sur les dépendances et l'usage de substances. Pour les hommes, pas plus de 15 verres par semaine, avec pas plus de 3 verres par jour la plupart des jours. Pas plus de 4 verres en une seule occasion. Pour les femmes, pas plus de 10 verres par semaine, avec pas plus de 2 verres par jour la plupart des jours. Pas plus de 3 verres par occasion.

FSA

Région de tri d'acheminement (3 premiers caractères du code postal)

Extended

TEXT

Values must meet the regular expression

Région de tri d'acheminement est représenté par les 3 premiers caractères du code postal

Phenotype (phenotype)

6 Champs

L'ensemble de champes reliés aux phénotypes du participant. Pour soumettre plus d'un phénotype, veuillez ajouter des lignes à la table phénotype pour ce participant.

Exemple de nom de fichier: phenotype[-optional-extension].tsv

study_id

Identifiant pour l'étude

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

submitter_participant_id

Identifiant pour le participant soumis par l'étude

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

phenotype_source_text

Le phenotype (ou anomalie) du participant tel que rapporté par l'étude

Core

Required

TEXT

Veuillez fournir l'information telle qu'elle est rapportée dans l'étude

phenotype_HPO_code

Code du phénoype du participant selon le système de classification Human Phenoytpe Ontology (HPO)

Core

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Fournissez le code exact tel qu'il apparait dans HPO (par example: HP:0001161. Veuillez-vous référer à https://hpo.jax.org/app/.

age_at_phenotype

Âge du participant (en jours) où le phénotype a été observé chez ce participant

Extended

NUMBER

phenotype_observed

Indiquer si le phénotype est observé

Core

Required

BOOLEAN

Family (family)

6 Champs

L'ensemble de champs reliés aux relation entre les participants d'un même groupe familial. Cette table de données doit être soumise uniquemement si l'étude détient des données sur des groupes de participants qui partagent des liens de parenté (ex: jumeaux, trios).

Exemple de nom de fichier: family[-optional-extension].tsv

study_id

Identifiant pour l'étude

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

submitter_family_id

Identifiant pour la famille du participant soumis par l'étude

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

submitter_participant_id

Identifiant unique du participant soumis par l'étude

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

family_type

Type de groupe familial auquel fait partie le participant

Core

Required

TEXT

Case-parent trio

Case-parent duo

Case only

Case-sibling

Twins

3 more

relationship_to_proband

Relation du participant envers le sujet proposant

Core

Required

TEXT

Proband

Mother

Father

Brother

Sister

8 more

is_affected

Est affecté par la condition

Extended

TEXT

Yes

Unknown

Family History (family_history)

4 Champs

L'ensemble de champs reliés à l'histoire de santé familiale. Pour soumettre plusieurs conditions de santé pour la famille d'un participant, veuillez ajouter des lignes dans la table histoire familiale.

Exemple de nom de fichier: family_history[-optional-extension].tsv

study_id

Identifiant pour l'étude

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

submitter_participant_id

Identifiant pour le participant soumis par l'étude

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

family_condition_name

Nom de la condition médicale observée dans la famille du participant

Core

Required

TEXT

family_condition_relationship

Quelle est la relation de ce membre de la famille envers le participant.

Extended

TEXT

Mother

Father

Brother

Sister

Half-brother

24 more

Référez-vous au système de code HL7 pour identifier un type de relation entre le participant et le membre affecté de sa famille http://terminology.hl7.org/CodeSystem/v3-RoleCode

Sociodemographic Controlled (sociodemographic_controlled)

9 Champs

Données sociodémographiques à accès contrôlé.

Exemple de nom de fichier: sociodemographic_controlled[-optional-extension].tsv

study_id

Identifiant pour l'étude

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

submitter_participant_id

Identifiant unique pour le participant soumis par l'étude

Required

TEXT

Values must meet the regular expression

Les caractères alphanumériques ainsi que les points, tirets et barres de soulignement sont supportés. Maximum de 250 caractères.

geographic_location

Code postal du participant à son adresse actuelle de résidence

Extended

TEXT

Values must meet the regular expression

Les valeurs permises sont code postal complet ou la zone de tri d'acheminement (ZTA) (les 3 premiers chiffres), ainsi que les termes de rapport de valeur manquante.

geographic_location_additional

Informations géographiques supplémentaires, telles que la ville ou la région

Extended

TEXT

Lorsque le code postal est moins spécifique, des informations supplémentaires peuvent être fournies.

geographic_location_collect_method

Méthode utilisée pour collecter des informations sur l'emplacement géographique

Extended

Conditional

TEXT

Self-identified

Derived